Открываем Яндекс.Метрику и проходим следующий путь: "Отчеты" - "Источники" - "Поисковые системы".

Затем выбираем интересующий нас период, детализацию и переходим к пункту "Визиты, в которых". 

В открывшемся окошке нужно прописать стоп-слова. К ним относятся брендовые запросы, номера телефонов, название сайта. Каждое слово обрамляется слева восклицательным знаком, а справа - звездочкой.

Жмем "Все условия" и "Применить".

В итоге метрика показывает трафик без брендовых запросов.